22 июля 2012 года советник Президента Украины Анна Герман сообщила, что в 7:45 утра актёр скончался в киевской больнице "Феофания" после продолжительной болезни. Прощание со Ступкой пройдёт 24 июля на сцене театра имени Франко, после чего актёр упокоится на Байковом кладбище.
Президент Украины Виктор Янукович поручил премьер-министру страны Николаю Азарову создать специальный комитет для организации похорон Богдана Ступки, возглавил который министр культуры Украины Михаил Кулиняк.
Причиной смерти Богдана Ступки стала острая сердечная недостаточность, вызванная последней стадией рака костей, диагностированного у него в январе 2012 года. В ночь с 21 на 22 июля у актёра случился инфаркт, после чего он впал в кому. К утру Ступка скончался. Сын Богдана Сильвестровича Остап сообщил, что в день смерти его отца врачей в больнице не было вообще по причине выходного дня.
В здании театра имени Франко, в котором Ступка проработал почти 35 лет, был установлен его портрет, буквально засыпанный цветами и свечами.
Сам актёр признавался, что хотел бы умереть в тот же день, что и его мать Мария Григорьевна, скончавшаяся в ночь с 23 на 24 июля 2007 года