ЗАО "Нефтефлот" в 1996 году создано на базе структурного подразделения АО "Волготанкер" — Самарской ремонтно-эксплуатационной базы "Нефтефлота" (РЭБ "Нефтефлота").

Зарегистрированно 25.01.1996 года администрацией Куйбышевского района города Самары.  ЗАО "Нефтефлот" первый из всех заводов выполнил реновацию танкера "Волгонефть-266" путем замены секций цилиндрической части корпуса. Это был первый шаг на пути к судостроению.

В 2010 году предприятие приступило к строительству танкера проекта RST 11 "Святой Князь Владимир". Это первое судно, построенное на территории Самарской области с 1896 года.

В августе 2021 года "Нефтефлот" выиграл конкурс ФГУП "Росморпорт" по строительству второго ледокола мощностью 18 МВт (проект 21900М) ледового класса Icebreaker7 для морских портов Балтийского бассейна за 10,5 млрд руб.