Президент пермской команды Геннадий Шилов. Заявил журналистам, что завтра притупит к исполнению своих обязанностей сербский специалист Горан Алексич, который будет врио главного тренера "Амкара".
Футбольный клуб "Амкар" был создан как команда пермского ОАО "Минеральные удобрения". Официальной датой рождения считается 6 декабря 1994 года. Название "Амкар" происходит от сочетания частей слов "аммиак" и"карбамид" — эти два вещества являлись главной продукцией предприятия. Клубными цветами (красно-чёрный) команда обязана торговым партнёрам из Милана, которые на просьбу помочь, предложили форму "Милана", так "Амкар" стал красно-чёрным. Основу новой команды составляли работники предприятия. В 1994 году "Амкар", усилившись игроками-любителями из других команд города и несколькими бывшими профессионалами, стал чемпионом города Перми иПермской области, а также выиграл областной кубок. 6 декабря 1994 года клуб был официально зарегистрирован и подал заявки на участие в турнире коллективов физической культуры. Однако "Амкару" предложили играть в третьей лиге чемпионата страны.
В 1995 году команда, усиленная бывшими игроками пермской команды "Звезда", стала второй в 6-й зоне третьей лиги и вышла во вторую лигу. В 1996 году "Амкар" занял третье место в зоне "Центр" второй лиги, в 1997 году клуб стал в турнире вторым, а в 1998 году, заняв первое место, получил право выступать в Первом дивизионе.
С 1999 по 2003 год команда достаточно успешно выступала в Первом дивизионе, занимая в итоговой таблице место не ниже шестого. В сезоне 2001/02 клуб дойдя до полуфинала Кубка России уступил 0:1 московскому ЦСКА. В 2003 году команда выиграла турнир первого дивизиона и получила право играть в Премьер-лиге.
В Премьер-лиге "Амкар" первое время выступал посредственно: в 2004, 2005 и в 2006 годах команда заняла соответственно 11-е, 12-е и 13-е места. В сезоне 2004/05 "Амкар" повторил свой успех в розыгрыше Кубка России, дойдя до полуфинала, в котором уступил по сумме двух встреч 0:2 подмосковным "Химкам". После того, как в середине 2006 года вместо ушедшего в отставку Сергея Оборина команду возглавил Рашид Рахимов, "Амкар" стал показывать весьма качественный футбол; на отрезке чемпионата с 19-го по 30-й (последний) тур "Амкар" стал 4-м в лиге по набранным очкам. В том же сезоне "Амкар" сыграл больше всех "сухих" матчей в Премьер-лиге — 15
В 2007 году команда уже не боролась за выживание, она выступала достаточно уверенно, но ряд факторов не позволил ей подняться выше 8-го места. Зато в розыгрыше Кубка России 2007/08 "Амкар" добился наилучшего в своей истории результата. 16 апреля 2008 года клуб переиграл "Урал" из Екатеринбурга 1:0 и вышел в финал, где проиграл в серии пенальти ЦСКА. По итогам сезона 2008 года "Амкар", заняв под руководством Миодрага Божовича 4-е место в турнирной таблице, получил право играть в Лиге Европы. Кроме того "Амкар" вновь сыграл больше всех "сухих" матчей в Премьер-лиге — 17
В следующем сезоне Димитар Димитров, пришедший на смену Миодрагу Божовичу, не смог продолжить успехи предшественников. За первые 5 туров Чемпионата 2009 команда пропустила всего один мяч, но в дальнейшем регулярно допускала грубые ошибки в обороне, в результате чего была вынуждена бороться за выживание. После 20-го тура на пост главного тренера клуба вернулся Рашид Рахимов, перед которым была поставлена задача сохранения места команды в Премьер-лиге, с чем он успешно справился. В чемпионате России 2009 года вратари Амкара отразили 4 пенальти из 5. В розыгрыше Кубка "Амкар" обыграл курский и подольский "Авангарды", на стадии четвертьфинала получил техническую победу над прекратившей своё существование футбольным клубом "Москва", но 21 апреля 2010 года "Амкар" проиграл дома в полуфинале Кубка России "Зениту" в серии пенальти, сыграв в основное и дополнительное время 0-0.
В 2010 году до конца борясь за выживание, впервые не одержав ни одной победы в гостях и забив меньше всех мячей, "Амкар" занял 14-е место и сохранил место в Премьер-лиге.
21 декабря 2010 года на официальном сайте появилось сообщение о добровольном переходе в Первую лигу в связи со сложной финансовой ситуацией, сложившейся в клубе. В это же время фанаты и болельщики клуба организовали сбор средств в поддержку "Амкара", а также обратились к представителям пермского бизнеса. Однако пермские власти невысоко оценили действия болельщиков. Так, министр культуры Пермского края Николай Новчиков отметил: "Вот болельщики „Амкара“ выступают, они собрали 50 тысяч рублей. Но это смешно! Если люди действительно болеют за эту команду, то почему 50 тысяч рублей, то есть ничего?". Геннадий Шилов, в свою очередь, заявил, что готов стать президентом клуба вместо ушедшего в отставку Валерия Чупракова. Также Шилов намерен обратиться за помощью к руководству края, а также заняться поиском спонсоров. РФПЛ дала "Амкару" время до 15 января. 25 января 2011 года "Амкар" отозвал заявку о выходе клуба из состава Премьер-лиги.
28 сентября 2011 года, после безвыигрышной серии в 10 игр в официальных матчах, продолжавшейся с 22 июня 2011 года, Рашид Рахимов отправлен в отставку.