Сергея Сторчака задержали еще 15 ноября 2007 года в рамках уголовного дела о попытке хищения бюджетных средств.
Уголовное дело в отношении замминистра финансов Сергея Сторчака, а также гендиректора ЗАО "Содэксим" Виктора Захарова и главы совета директоров Межрегионального инвестиционного банка Вадима Волкова возбуждено по признакам преступления, предусмотренного ч.1 ст.30, ч.4 ст.159 УК РФ (приготовление к преступлению, сговор на совершение преступления, мошенничество, совершенное организованной группой в особо крупном размере). По этим статьям грозит наказание в виде лишения свободы сроком от пяти до десяти лет.
Следственный комитет при прокуратуре уже 23 ноября 2007 года предъявил Сторчаку обвинение по статьям 30 и 159 Уголовного кодекса РФ (покушение на мошенничество, совершенное организованной группой либо в особо крупном размере). Уже 3 декабря 2007 года Следственный комитет при прокуратуре РФ дал официальное подтверждение того, что в отношении Сторчака возбуждено еще одно уголовное дело по признакам преступления, предусмотренного ч. 1 ст. 286 УК РФ.
В свою очередь Мосгорсуд, 18 февраля 2008 года отказался освободить Сторчака из под ареста, тем самым не удовлетворив просьбы защиты об отмене постановления о содержании чиновника под арестом.
Более того Басманный суд Москвы 30 сентября 2008 года продлил до 15 ноября срок содержания под стражей замминистру финансов Сергею Сторчаку.
6 октября 2008 года следствие предъявило обвинение в окончательной редакции заместителю министра финансов РФ Сергею Сторчаку, инкриминировав ему дополнительно злоупотребление должностными полномочиями. Но уже 21 октября он Сторчак был освобожден из следственного изолятора "Лефортово" под подписку о невыезде.