Путин хотел распустить министерство еще в сентябре 2007 года, когда Греф лишился кресла главы МЭРТ. После этого функции министерства, должны были поделить Минфин и Минрегион. Но Греф уговорил президента повременить.
После прошлогоднего пересмотра состава правительства новому Министерству регионального развития во главе с Дмитрием Козаком удалось заполучить под свой контроль Инвестфонд, а также федеральные целевые программы, связанные с экономическим развитием субъектов. На часть функций МЭРТ претендует ведомство Алексея Кудрина, считающееся главным конкурентом МЭРТ за властные полномочия. Камнем преткновения между ними всегда был выбор стратегии развития России на долгосрочную перспективу. Если Греф был сторонником увеличения бюджетных расходов на проводимые в стране реформы, то Кудрин всегда их ограничивал, видя в них причину инфляции. Совмещение двух функций — стратегического развития и контроля за исполнением бюджета — нарушает принцип разделения властей, считает глава комитета Госдумы по собственности Виктор Плескачевский. "Министерство, которое старается экономить на всем, не может одновременно отвечать за вопросы экономического развития, — говорит депутат. — В вопросах развития не должно быть отраслевого подхода". Он надеется, что МЭРТ все-таки останется в структуре правительства. "Россия — страна с переходной экономикой, и ведомству экономических реформ хватило бы работы еще на 10—15 лет", — уверен г-н Плескачевский.
Сейчас в министерстве работают четыре профильных внешнеэкономических департамента. Это департамент торговых переговоров, который возглавляет Максим Медведков, департамент госрегулирования внешнеторговой деятельности под руководством Галины Баландиной, департамент внешнеэкономических отношений, управляемый Сергеем Чернышевым, и департамент экономического сотрудничества со странами СНГ, главой которого является Виктор Спасский. На их базе и может быть в принципе создано новое агентство, руководителем которого, как говорят, может стать глава российской делегации на переговорах по присоединению к ВТО Максим Медведков.
Косвенным подтверждением версии о скором обретении "независимости" внешнеэкономическим блоком МЭРТ является тот факт, что, по сведениям ВН, с декабря сотрудники этих департаментов получают зарплату по отдельной ведомости, а не вместе со всеми остальными.